La implantación de una estructura regional fue consecuencia de un proceso lento y no exento de dificultades que culminó en el Congreso celebrado en Valladolid los días 12 y 13 de febrero de 1993, fecha en la que se constituyó la Unión Regional de UGT en Castilla y León. Las ponencias aprobadas en el Congreso definían una Unión Regional que ha ido cumpliendo los objetivos con los que nacía: mejorar los servicios a los militantes, fortalecer el sindicalismo basado en la negociación que la UGT representaba, mejorar la acción institucional, defendiendo políticas orientadas a la defensa del Estado de Bienestar.La primera Comisión Ejecutiva estuvo integrada por Alfonso Maroto (Secretaría General), Fermín Carnero (Organización), Javier Donis (Administración), Andrés Díez (Acción Sindical), Faustino Temprano (Acción Institucional), Rafael Marina (Acción Social), Agustín Prieto (Formación e Imagen) y Julián Juez y José Mª Villacastín como Vocales.
En los inicios de su andadura no hubo un proyecto sindical perfilado para Castilla y León y tampoco existieron tensiones dentro de la organización, la línea que se seguía era de total identificación con la política de la Comisión Ejecutiva Confederal.
La nueva Comisión Ejecutiva elegida en el I Congreso Ordinario, celebrado en Valladolid en mayo de 1994, con Andrés Díez San José como Secretario General, tampoco tenía definido un proyecto sindical para Castilla y León.
En esta etapa la situación del Sindicato era de una débil institucionalización así como de falta de una política sindical ambiciosa. Esto llevó a que en el otoño de 1996 algunos de los responsables tanto de uniones provinciales como de federaciones, se plantearan la posibilidad de presentarse como una alternativa a la Comisión Ejecutiva de Andrés Díez y elaborar un programa que se adaptara a las características propias de Castilla y León.
Tras la imposibilidad de llegar a algún tipo de acuerdo con la Ejecutiva Regional, esa alternativa se materializó durante el Comité Regional celebrado en Valladolid en diciembre de 1996. Tras el rechazo de la gestión presentada por la Comisión Ejecutiva, ésta fue sustituida por una Comisión Gestora, de la que se hizo cargo la candidatura encabezada por Fermín Carnero, y que en el Congreso Extraordinario de León, 19 de abril de 1997, se convertiría en la nueva Comisión Ejecutiva.
Este nuevo equipo definió su proyecto sindical en el II Congreso Ordinario de la Unión Regional de marzo de 1998. Las Uniones Provinciales eran obligadas a integrarse plenamente en las estructuras de la Unión Regional y las Federaciones adquirían un mayor peso. La UGT se reafirmó como un sindicato de clase, de orientación socialista, democrático, independiente y autónoma, comprometido en defender los derechos fundamentales y trabajar para mejorar el Estado del Bienestar a través de la potenciación de los servicios públicos de salud, sanidad y educación pública, se pronunció a favor del transporte público y de la negociación colectiva en el ámbito de los acuerdos estatales. Se puso un énfasis especial en la formulación de políticas sectoriales para Castilla y León y fundamentalmente en la puesta en práctica de medidas tendentes a la reducción del número de desempleados. Se rechazó el Plan de Empleo que en aquel momento se estaba realizando desde la Junta de Castilla y León y se pidió a la Administración Autonómica que legislara sobre la reducción de la jornada laboral a 35 horas semanales.
El Congreso aprobó la nueva Comisión Ejecutiva con el 70% de los votos: Fermín Carnero Gonzáles (Secretaría General), Agustín Prieto González (Secretaría de Organización), Orlando Amanzana Méndez (Secretaría de Administración), Mariano Carranza Redondo (Acción Sindical), Luz Blanca Cosío Almeira (Formación), Pedro Pablo Santamaría Sáez (Acción Institucional), Raquel Bahillo Peña (Empleo, Seguridad Social y Salud Laboral), Concepción Ramos Bayón (Acción Social), Antonio Blasco Estévez (Documentación, Comunicación e Imagen).
En este II Congreso se sentaron ya las bases para la consolidación efectiva de la Unión Regional. Se renovó la apuesta por un sindicalismo de negociación que ofreciera servicios a sus afiliados, que desarrollara una decidida acción institucional y que propugnara un programa de tipo socialdemócrata.